Fine-grain parallel megabase sequence comparison with multiple heterogeneous GPUs
Visualitza/Obre
Fine-grain parallel megabase sequence comparison with multiple heterogeneous GPUs (382,2Kb) (Accés restringit)
Sol·licita una còpia a l'autor
Què és aquest botó?
Aquest botó permet demanar una còpia d'un document restringit a l'autor. Es mostra quan:
- Disposem del correu electrònic de l'autor
- El document té una mida inferior a 20 Mb
- Es tracta d'un document d'accés restringit per decisió de l'autor o d'un document d'accés restringit per política de l'editorial
Cita com:
hdl:2117/23094
Tipus de documentText en actes de congrés
Data publicació2014
EditorAssociation for Computing Machinery (ACM)
Condicions d'accésAccés restringit per política de l'editorial
Llevat que s'hi indiqui el contrari, els
continguts d'aquesta obra estan subjectes a la llicència de Creative Commons
:
Reconeixement-NoComercial-SenseObraDerivada 3.0 Espanya
Abstract
This paper proposes and evaluates a parallel strategy to execute the exact Smith-Waterman (SW) algorithm for megabase DNA sequences in heterogeneous multi-GPU platforms. In our strategy, the computation of a single huge SW matrix is spread over multiple GPUs, which communicate border elements to the neighbour, using a circular buffer mechanism that hides the communication overhead. We compared 4 pairs of human-chimpanzee homologous chromosomes using 2 different GPU environments, obtaining a performance of up to 140.36 GCUPS (Billion of cells processed per second) with 3 heterogeneous GPUS.
CitacióDe Sandes, E. [et al.]. Fine-grain parallel megabase sequence comparison with multiple heterogeneous GPUs. A: ACM SIGPLAN Symposium on Principles and Practice of Parallel Programming. "PPoPP'14: proceedings of the 2014 ACM SIGPLAN Symposium on Principles and Practice of Parallel Programming: Orlando, FL, USA: February 15-19, 2014". Orlando, FL: Association for Computing Machinery (ACM), 2014, p. 383-384.
ISBN978-1-4503-2656-8
Versió de l'editorhttp://dl.acm.org/citation.cfm?id=2555280
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
---|---|---|---|---|
Fine-grain para ... ple heterogeneous GPUs.pdf | Fine-grain parallel megabase sequence comparison with multiple heterogeneous GPUs | 382,2Kb | Accés restringit |