Biological Pathway enrichment of Liquid Chromatography - Mass Spectrometry data through spectral graph analysis
Visualitza/Obre
Report (2,065Mb) (Accés restringit)
Sol·licita una còpia a l'autor
Què és aquest botó?
Aquest botó permet demanar una còpia d'un document restringit a l'autor. Es mostra quan:
- Disposem del correu electrònic de l'autor
- El document té una mida inferior a 20 Mb
- Es tracta d'un document d'accés restringit per decisió de l'autor o d'un document d'accés restringit per política de l'editorial
Estadístiques de LA Referencia / Recolecta
Inclou dades d'ús des de 2022
Cita com:
hdl:2099.1/23212
Tipus de documentProjecte/Treball Final de Carrera
Data2014-07
Condicions d'accésAccés restringit per decisió de l'autor
Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i
industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva
reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització del titular dels drets
Abstract
Els experiments de recerca biol ogica sobre el metabolisme hum a solen usar CL/EM, Cromatografi a Li quida - Espectrometria de Masses, per obtenir informaci o sobre els compostos a les mostres,per o aquest tipus de dades acostuma a presentar soroll estadi stic. Les t ecniques d'enriquiment
filtren soroll i permeten, amb l'ajut d'una base de dades, trobar una explicaci o en termes de vies metab oliques afectades. Aix o implica una millor comprensi o de la biologia i un acc es m es e ficient a les bases de dades.
Aquest projecte engloba la concepci o d'un paquet en l'entorn R que cont e dos blocs diferenciats.
La primera part converteix la base de dades KEGG, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, en grafs amb signi cat biol ogic. Com a novetat respecte a les t ecniques alternatives de l'estat de l'art, els grafs aquí utilitzats contenen cinc tipus de v ertexs: vies metab oliques, m oduls, enzims, reaccions i compostos. La segona part aplica algorismes de difusi o de calor i PageRank sobre aquests grafs,
tenint en compte una entrada de compostos provinents de CL/EM. Entre les dues parts s'assoleix l'enriquiment de les dades.
Els m etodes proposats s'han executat en un cas real i s'han validat per experts en la mat eria.
Han obtingut bons resultats, com tamb e ho han fet t ecniques de l'estat de l'art, i han anat un pas m es enll a en la interpretaci o de resultats. En particular, en lloc de proporcionar nom es una llista de vies metab oliques afectades s'ha constru t un graf que les relaciona amb els m oduls, els enzims, les reaccions i els compostos involucrats. Finalment, ja que els grafs i els algorismes permeten una amplia personalitzaci o, s'han elaborat recomanacions per una futura ampliaci o.
MatèriesMetabolism, Liquid chromatography, Mass spectrometry, Metabolisme, Cromatografia de líquids, Espectroscòpia de masses
TitulacióENGINYERIA INDUSTRIAL (Pla 1994)
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
---|---|---|---|---|
main.pdf | Report | 2,065Mb | Accés restringit |