Large neighbourhood search algorithms for the founder sequence reconstruction problem
Visualitza/Obre
Large neighbourhood search algorithms....pdf (344,8Kb) (Accés restringit)
Sol·licita una còpia a l'autor
Què és aquest botó?
Aquest botó permet demanar una còpia d'un document restringit a l'autor. Es mostra quan:
- Disposem del correu electrònic de l'autor
- El document té una mida inferior a 20 Mb
- Es tracta d'un document d'accés restringit per decisió de l'autor o d'un document d'accés restringit per política de l'editorial
Cita com:
hdl:2117/13711
Tipus de documentArticle
Data publicació2012-02
Condicions d'accésAccés restringit per política de l'editorial
Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i
industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva
reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització del titular dels drets
Abstract
The reconstruction of founder genetic sequences of a population is a relevant issue in evolutionary biology research. The problem consists in finding a biologically plausible set of genetic sequences (founders), which can be recombined to obtain the genetic sequences of the individuals of a given population. The reconstruction of these sequences can be modelled as a combinatorial optimisation problem in which one has to find a set of genetic sequences such that the individuals of the population under study can be obtained by recombining founder sequences minimising the number of recombinations. This problem is called the founder sequence reconstruction problem. Solving this problem can contribute to research in understanding the origins of specific genotypic traits. In this paper, we present large neighbourhood search algorithms to tackle this problem. The proposed algorithms combine a stochastic local search with a branch-and-bound algorithm devoted to neighbourhood exploration. The developed algorithms are thoroughly evaluated on three different benchmark sets and they establish the new state of the art for realistic problem instances.
CitacióRoli, A. [et al.]. Large neighbourhood search algorithms for the founder sequence reconstruction problem. "Computers & operations research", Febrer 2012, vol. 39, núm. 2, p. 213-224.
ISSN0305-0548
Versió de l'editorhttp://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0305054811000852
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
---|---|---|---|---|
Large neighbourhood search algorithms....pdf | 344,8Kb | Accés restringit |