Expectation Maximitzation per a arbres filogenètics|

Abstract

Anàlisi exhaustiu del mètode EM aplicat a la reconstrucció filogenètica. Aplicació del mètode per a la reconstrucció de topologies sobre dades simulades sota un model K3. Aplicació i comparació amb altres mètodes de reconstrucció filogenètica coneguts, com l'algorisme Neighbor-Joining, un mètode basat en invariants i un algorisme de màxima versemblança que es troba en el programari PAML. S'han trobat els estimadors de màxima versemblança en l'algorisme EM sota un model K3 i un GMM i s'ha pogut veure l'eficiència de l'algorisme EM respecte el altres, tot i que amb un temps computacional molt més elevat. I la millora en la reconstrucció de topologia a mesura que les longituds dels alineaments eren majors.. La reconstrucció de l'arbre filogenètic que ha donat lloc a les espècies actuals no és una tasca fàcil i en aquests moments encara s'estan proposant nous mètodes de reconstrucció. Entendre els models matemàtics d'evolució més usats és una de les claus per a proposar nous mètodes de reconstrucció. En aquest projecte programarem un mètode de màxim de versemblança per a models evolutius a temps discret i el compararem amb altres mètodes de reconstrucció ja existents i amb noves adaptacions d'aquests.