Ir al contenido (pulsa Retorno)

Universitat Politècnica de Catalunya

    • Català
    • Castellano
    • English
    • LoginRegisterLog in (no UPC users)
  • mailContact Us
  • world English 
    • Català
    • Castellano
    • English
  • userLogin   
      LoginRegisterLog in (no UPC users)

UPCommons. Global access to UPC knowledge

5.043 Open-access theses in TDX
You are here:
View Item 
  •   DSpace Home
  • Tesis
  • Totes les tesis
  • View Item
  •   DSpace Home
  • Tesis
  • Totes les tesis
  • View Item
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Advanced inspection techniques for molecular simulations

Thumbnail
View/Open
TPHC1de1.pdf (37,98Mb)
Share:
 
  View Usage Statistics
Cita com:
hdl:2117/111513

Show full item record
Hermosilla Casajús, Pedro
Tutor / directorVinacua Pla, ÁlvaroMés informacióMés informacióMés informació; Vázquez Alcocer, Pere PauMés informacióMés informacióMés informació
Chair / Department / Institute
Universitat Politècnica de Catalunya. Departament de Ciències de la Computació
Document typeDoctoral thesis
Data de defensa2017-07-13
PublisherUniversitat Politècnica de Catalunya
Rights accessOpen Access
Attribution-NonCommercial-NoDerivs 4.0 International
Except where otherwise noted, content on this work is licensed under a Creative Commons license : Attribution-NonCommercial-NoDerivs 4.0 International
Abstract
Molecular dynamics simulations are computer simulations of the physical movements of atoms and molecules, and the interactions between them. In the particular cases we focus on (pharmaceutical drug design and enzymatic catalysis), molecular dynamics simulations predict the binding mode and binding affinity of a small molecule (the drug) with a biomolecule. Providing new tools and techniques to visualize and to interact with these simulations is crucial in understanding them. Throughout the development of this thesis, we have proposed new techniques to improve both the rendering quality and speed of different molecular representation models. Moreover, we developed a novel system to analyze docking simulations and the underlying interactions between the atom groups.
 
La dinámica molecular es una técnica de simulación por ordenador la cual intenta reproducir el movimiento de átomos y moléculas, y su interacción. En el marco de esta tesis (diseño de fármacos y cinética enzimática), las simulaciones de dinámica molecular predicen el modo y afinidad del acoplamiento entre una pequeña molécula (el fármaco) con una biomolecula. Proporcionar nuevas herramientas y técnicas para visualizar e interactuar con estas simulaciones es crucial para llegar a entenderlas correctamente. A lo largo del desarrollo de esta tesis, hemos propuesto nuevas técnicas para mejorar tanto la calidad del pintado como la velocidad de diferentes modelos de representación comúnmente usados en la visualización molecular. Además, hemos desarrollado un nuevo sistema para analizar tanto las simulaciones de acoplamiento molecular, como las fuerzas de interacción entre grupos moleculares que dirigen el proceso de acoplamiento.
CitationHermosilla Casajús, P. Advanced inspection techniques for molecular simulations. Tesi doctoral, UPC, Departament de Ciències de la Computació, 2017. Available at: <http://hdl.handle.net/2117/111513>
URIhttp://hdl.handle.net/2117/111513
Collections
  • Tesis - Departament de Ciències de la Computació [73]
  • Tesis - Totes les tesis [5.043]
Share:
 
  View Usage Statistics

Show full item record

FilesDescriptionSizeFormatView
TPHC1de1.pdf37,98MbPDFView/Open

Browse

This CollectionBy Issue DateAuthorsOther contributionsTitlesSubjectsThis repositoryCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsOther contributionsTitlesSubjects

© UPC Obrir en finestra nova . Servei de Biblioteques, Publicacions i Arxius

info.biblioteques@upc.edu

  • About This Repository
  • Contact Us
  • Send Feedback
  • Inici de la pàgina