Binding of a C-end rule peptide to the neuropilin-1 receptor: a molecular modeling approach
Visualitza/Obre
bi101662j.pdf (3,215Mb) (Accés restringit)
Sol·licita una còpia a l'autor
Què és aquest botó?
Aquest botó permet demanar una còpia d'un document restringit a l'autor. Es mostra quan:
- Disposem del correu electrònic de l'autor
- El document té una mida inferior a 20 Mb
- Es tracta d'un document d'accés restringit per decisió de l'autor o d'un document d'accés restringit per política de l'editorial
Cita com:
hdl:2117/13140
Tipus de documentArticle
Data publicació2011-03-15
Condicions d'accésAccés restringit per política de l'editorial
Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i
industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva
reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització del titular dels drets
Abstract
Neuropilin-1 (NRP-1) is a receptor that plays an essential role in angiogenesis, vascular permeability, and nervous system development. Previous studies have shown that peptides with an N-terminal Arg, especially peptides with the four-residue consensus sequence R/K/XXR/K, bind to NRP-1 cell surfaces.
Peptides containing such consensus sequences promote binding and internalization into cells, while blocking the C-terminal Arg (or Lys) prevents the internalization. In this study, we use molecular dynamics simulations
to model the structural properties of the NRP-1 complex with a prototypic CendR peptide, RPAR. Our simulations show that RPAR binds NRP-1 through specific interactions of the RPAR C-terminus: three
hydrogen bonds and a salt bridge anchor the ligand in the receptor pocket. The modeling results were used as the starting point for a systematic computational study of new RPAR analogues based on chemical modifications
of their natural amino acids. Comparison of the structural properties of the new peptide-receptor complexes with the original organization suggests that some of the analogues can increase the binding affinity
while reducing the natural sensitivity of RXXR to endogenous proteases.
CitacióHaspel [et al.]. Binding of a C-end rule peptide to the neuropilin-1 receptor: a molecular modeling approach. "Biochemistry", 15 Març 2011, vol. 50, núm. 10, p. 1755-1762.
ISSN0006-2960
Versió de l'editorhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21247217
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
---|---|---|---|---|
bi101662j.pdf | 3,215Mb | Accés restringit |