Rational Enzyme Engineering Through Biophysical and Biochemical Modeling
Visualitza/Obre
Cita com:
hdl:2117/84341
Tipus de documentArticle
Data publicació2016-02-03
EditorACS Publications
Condicions d'accésAccés obert
Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i
industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva
reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització del titular dels drets
ProjecteINDOX - Optimized oxidoreductases for medium and large scale industrial biotransformations (EC-FP7-613549)
DISENYO COMPUTACIONAL RACIONAL DE OXIDOREDUCTASAS PARA APLICACIONES INDUSTRIALES Y TECNOLOGICAS (MINECO-CTQ2013-48287-R)
NUEVAS ENZIMAS OXIDATIVAS PARA UNA INDUSTRIA SOSTENIBLE (MINECO-BIO2014-56388-R)
DISENYO COMPUTACIONAL RACIONAL DE OXIDOREDUCTASAS PARA APLICACIONES INDUSTRIALES Y TECNOLOGICAS (MINECO-CTQ2013-48287-R)
NUEVAS ENZIMAS OXIDATIVAS PARA UNA INDUSTRIA SOSTENIBLE (MINECO-BIO2014-56388-R)
Abstract
Due to its importance in the pharmaceutical industry, ligand dynamic simulations have experienced a great expansion. Using all-atom models and cutting edge hardware, one can perform non-biased ligand migration, active site search and binding studies. In this letter we demonstrate (and validate by PCR mutagenesis) how these techniques, when combined with quantum mechanics, open new possibilities in enzyme engineering. We provide a complete analysis where: 1) biophysical simulations produce ligand diffusion and, 2) biochemical modeling samples the chemical event. Using such broad analysis we engineer a highly stable peroxidase activating the enzyme for new substrate
oxidation after rational mutation of two non-conserved surface residues. In particular, we create a new surface-binding site, quantitatively predicting the in vitro change in oxidation rate obtained by mutagenic PCR and achieving a comparable specificity constant to active peroxidases.
CitacióAcebes, Sandra [et al.]. Rational Enzyme Engineering Through Biophysical and Biochemical Modeling. "ACS Catalysis", 03 Febrer 2016, vol. 6, núm. 3, p. 1624-1629.
ISSN2155-5435
Versió de l'editorhttp://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acscatal.6b00028
Col·leccions
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
---|---|---|---|---|
rational enzyme.pdf | 4,178Mb | Visualitza/Obre |