En aquest treball es mostra el port de l'aplicació en bioinformàtica FTDock a una plataforma heterogènia formada per un multiprocessador i una FPGA, utilitzant els avantatges que ofereix l'ús d'acceleradors hardware en aquelles regions més crítiques del codi.On this work we show the port from the application in bioinformatics FTDock to an heterogeneous platform which features a multiprocessor and an FPGA, taking advantage of hardware accelerators on critical code regions.