Show simple item record

dc.contributorPrats Soler, Clara
dc.contributorMontañola Sales, Cristina
dc.contributor.authorGilabert Navarro, Joan Francesc
dc.contributor.otherUniversitat Politècnica de Catalunya. Departament de Física i Enginyeria Nuclear
dc.contributor.otherUniversitat Politècnica de Catalunya. Centre de Cooperació per al Desenvolupament
dc.date.accessioned2015-09-29T13:27:51Z
dc.date.available2015-09-29T13:27:51Z
dc.date.issued2015-06
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/2117/77166
dc.descriptionKey words: biophysics, translational research, simulation, individual-based model, parallel computing. This TFG is a proposal of the Research Group in Computational Biology. Tuberculosis is still one of the most important infectious diseases worldwide, killing over 2.5 million people each year. It is estimated that one third of world population has already been infected by Mycobacterium tuberculosis. In particular, the Ciutat Vella neighbourhood in Barcelona has a tuberculosis incidence which is comparable to the incidence in countries like Sudan. Classically, most
dc.description.abstractTuberculosis is still one of the most important infectious diseases worldwide, killing over 1.5 million people each year. It is estimated that one third of world population has already been infected by Mycobacterium tuberculosis. In particular, the Ciutat Vella neighbourhood in Barcelona has a tuberculosis incidence which is comparable with the incidence in countries like Sudan. In this work we have improved a previous agent-based model, and we used it to develop a simulator of the tuberculosis dynamics in Ciutat Vella, as a first step towards the simulation of tuberculosis dynamics in big cities. The model was implemented in NetLogo, a free and open-source agent-based simulation tool that incorporates a helpful user-friendly interface. NetLogo is time-consuming for large populations (our model has around 100.000 individuals), therefore, some optimization work was required in order to make the experiments feasible. This simulator has allowed us to perform virtual experiments to asses the efficacy of public health strategies. In particular, we have performed two series of experiments. In the first one, we checked the influence of the distribution of infected times on the number of sick individuals. In the second one, we modelled different types of screenings, in order to determine which was the most effective public-health measure. As conclusions, we saw that the kind of distribution of infected times used had a great impact on the results. Also, we found that among the several screenings, random variable screening, selective screening and contact tracing, the latter was the most effective. This is good news, since it is a common measure in epidemiological control. Finally, we observed the limitations of NetLogo as a simulation tool. For big populations, as could be the approximately 1.600.000 inhabitants of Barcelona, NetLogo is not practical in times of execution time. Therefore, a more powerful tool is needed. We discussed the possibilities of extending our model to an example of such tools, the YADES simulator, which has the added advantage that is a demographical simulation tool, which would increase the fitness of the model to the target population.
dc.description.abstractLa tuberculosis sigue siendo una de las enfermedades infecciosas más importantes en todo el mundo, matando a más de 1,5 millones de personas cada año. Se estima que un tercio de la población mundial ya ha sido infectada por Mycobacterium tuberculosis. En particular, el distrito de Ciutat Vella en Barcelona tiene una incidencia de tuberculosis que es comparable con la incidencia en países como Sudán. En este trabajo hemos mejorado un modelo basado en agentes anterior, y lo hemos utilizado para desarrollar un simulador de la dinámica de tuberculosis en Ciutat Vella, como un primer paso hacia la simulación de la dinámica de la tuberculosis en grandes ciudades. El modelo se implementó en NetLogo, una herramienta de simulación basada en agentes, libre y de código abierto que incorpora una interfaz fácil de usar. NetLogo requiere un elevado tiempo de ejecución para grandes poblaciones (nuestro modelo tiene alrededor de 100.000 personas), por lo tanto, un cierto trabajo de optimización se requiere para hacer los experimentos factibles. Este simulador nos ha permitido realizar experimentos virtuales para evaluar la eficacia de las estrategias de salud pública. En particular, hemos realizado dos series de experimentos. En la primera, se comprobó la influencia de la distribución de los tiempos de infección en el número de personas enfermas. En la segunda, se modelaron diferentes tipos de screenings, con el fin de determinar cuál era la medida más eficaz para la salud pública. Como conclusiones, vimos que el tipo de distribución de los tiempos de infección utilizado tenía un gran impacto en los resultados. Además, se encontró que entre los diversos screenings usados, screening variable aleatorio, screening selectivo y contact tracing, el último fue el más efectivo. Esta es una buena noticia, ya que es una medida común en control epidemiológico. Por último, observamos las limitaciones de NetLogo como una herramienta de simulación. Para las grandes poblaciones, como podría ser los habitantes aproximadamente 1.600.000 de Barcelona, ​​NetLogo no es práctico en tiempos de tiempo de ejecución. Por lo tanto, se necesita una herramienta más poderosa. Discutimos la posibilidad de extender nuestro modelo para un ejemplo de este tipo de herramientas, el simulador Yades, que tiene la ventaja añadida de que es una herramienta de simulación demográfica, lo que aumentaría la la aptitud del modelo a la población objetivo.
dc.description.abstractLa tuberculosi continua sent una de les malalties infeccioses més importants arreu del món, matant a més de 1,5 milions de persones cada any. S'estima que un terç de la població mundial ja ha estat infectada per Mycobacterium tuberculosi. En particular, el districte de Ciutat Vella a Barcelona té una incidència de tuberculosi que és comparable amb la incidència de països com el Sudan. En aquest treball hem millorat un model basat en agents anterior, i l'hem utilitzat per desenvolupar un simulador de la dinàmica de la tuberculosi a Ciutat Vella, com un primer pas cap a la simulació de la dinàmica de la tuberculosi a les grans ciutats. El model es va implementar en NetLogo, una eina de simulació basada en agents lliure i de codi obert que incorpora una interfície fàcil d'utilitzar. NetLogo requereix molt de temps d'execució per a grans poblacions (el nostre model té al voltant de 100.000 persones), per tant, un cert treball d'optimització es requereix per fer els experiments factible. Aquest simulador ens ha permès realitzar experiments virtuals per avaluar l'eficàcia de les estratègies de salut pública. En particular, hem realitzat dues sèries d'experiments. En la primera, es va comprovar la influència de la distribució dels temps d'infectats en el nombre de persones malaltes. A la segona, es van modelar diferents tipus de screenings, amb la finalitat de determinar quina era la mesura més eficaç per a la salut pública. Com a conclusions, vam veure que el tipus de distribució dels temps infectats utilitzat tenia un gran impacte en els resultats. A més, es va trobar que entre els diverses screenings, screening variable aleatòri, l'screening selectiu i contact tracing, l'últim va ser el més efectiu. Aquesta és una bona notícia, ja que és una mesura comuna en control epidemiològic. Finalment, observem les limitacions d'NetLogo com a eina de simulació. Per a les grans poblacions, com podria ser els habitants aproximadament 1.600.000 de Barcelona, ​​NetLogo no és pràctic en temps de temps d'execució. Per tant, es necessita una eina més poderosa. Discutim les possibilitats d'estendre el nostre model per a un exemple d'aquest tipus d'eines, el simulador Yades, que té l'avantatge afegit que és una eina de simulació demogràfica, el que augmentaria la l'aptitud del model a la població objectiu.
dc.language.isoeng
dc.publisherUniversitat Politècnica de Catalunya
dc.relation.urihttp://infoteleco.upc.edu/incoming/pfc/108757/posterTFG_TB-A1_REDVbH.pdf
dc.rightsS'autoritza la difusió de l'obra mitjançant la llicència Creative Commons o similar 'Reconeixement-NoComercial- SenseObraDerivada'
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/
dc.subjectÀrees temàtiques de la UPC::Física
dc.subjectÀrees temàtiques de la UPC::Ciències de la salut
dc.subjectÀrees temàtiques de la UPC::Desenvolupament humà i sostenible::Cooperació per al desenvolupament::Projectes de cooperació
dc.subject.lcshBiophysics
dc.subject.lcshPublic health
dc.subject.othertranslational research
dc.subject.othersimulation
dc.subject.otherindividual-based model
dc.subject.otherparallel computing
dc.subject.othertuberculosis
dc.subject.otherNetLogo
dc.subject.othersimulación
dc.subject.otherindividual-based model
dc.subject.othercomputación paralela
dc.subject.othertuberculosis
dc.subject.otherNetLogo
dc.subject.otherSimulació per ordinador -- PFC
dc.titleDevelopment of a simulator to evaluate public health control strategies of tuberculosis in big cities
dc.title.alternativeDesarrollo de un simulador para evaluar las estrategias de control de la salud pública de la tuberculosis en grandes ciudades
dc.title.alternativeDesenvolupament d'un simulador per avaluar les estratègies de control de salut pública de la tuberculosi en grans ciutats
dc.typeBachelor thesis
dc.subject.lemacBiofísica
dc.subject.lemacSalut pública
dc.identifier.slugETSETB-230.108757
dc.rights.accessOpen Access
dc.date.updated2015-08-03T09:24:11Z
dc.audience.educationlevelGrau
dc.audience.mediatorEscola Tècnica Superior d'Enginyeria de Telecomunicació de Barcelona
dc.audience.degreeGRAU EN ENGINYERIA FÍSICA (Pla 2011)


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record