Tres complexes proteínics formats per la RBD del virus SARS-CoV-2, dos d’ells
formats per dos anticossos (Fab CR3022 i Fv S309) i el restant essent la target
cell del virus en qüestió, l’ACE2, han sigut simulats usant múltiples mètodes de
modelització atomística, que van des d’aproximacions clàssiques fins a les aproximacions
quàntiques, amb l’objectiu d’estudiar la interacció proteïna-proteïna que
s’esdevenen entre els complexes esmentats.
L’objectiu principal resideix en la determinació del comportament dels complexes
en entorns fisiològics. Amb aquesta fita en ment, es determinarà la conservació de
l’àrea de contacte entre les dues proteïnes, s’estudiaran múltiples conformacions
estables de cada complexe, i s’analitzaran les interaccions, i la seva magnitud,
d’aquelles que esdevenen entre les dues proteïnes de cada complexe, per a cada
aproximació matemàtica que s’efectuï dels sistemes estudiats.
Es determinarà l’anticòs CR3022 com aquell que mostra una major afinitat cap a la
RBD, tant en termes energètics estructurals, com també quines són les principals
interaccions que esdevenen, per a cada complexe, en condicions fisiològiques.
Tres complejos proteínicos formados por la RBD del virus SARS-CoV-2, dos de
ellos formados por dos anticuerpos (Fab CR3022 y Fv S309), siendo el restante
el target cell del virus en cuestión, la ACE2, han sido simulados usando múltiples
métodos de modelización atomística, que van des de aproximaciones clásicas
hasta aproximaciones cuánticas, con el objetivo de estudiar la interacción proteínaproteína
que aparecen entre dichos complejos.
El objetivo principal reside en la determinación del comportamiento de los complejos
en entornos fisiológicos. Con este objetivo en mente, se determinara la
conservación de el área de contacto entre las dos proteínas, se estudiaran múltiples
configuraciones estables de cada complejo, y se analizaran las interacciones y
su magnitud cuyas tienen lugar entre las proteínas de cada complejo, para cada
aproximación matemática estudiada.
Se determinará el anticuerpo CR3022 como aquel que muestra una mayor afinidad
hacia la RBD, tanto en términos energéticos como estructurales, además de cuáles
son las principales interacciones que aparecen para cada complejo, en condiciones
fisiológicas.
Three different protein complexes made with the RBD of the SARS-CoV-2 protein,
two of them in solvation with two different antibodies (Fab CR3022 and Fv S309)
and the remaining one with the target cell of the mentioned virus, the ACE2,
have been simulated using different molecular simulation approaches, going from
classical approximations to quantic approximations, with the aim of studying the
protein-protein interactions that arise on the different complexes.
The main goal of this work resides in a behavioural determination of the simulated
complexes in a physiological medium. Having this goal in mind, in this study, we
will establish the conservation degree of the interface regarding the two proteins of
each complex, we will study different conformations of the systems, their stability,
and finally, the number of interactions, and their magnitude, which appear between
these two different proteins, and for all mathematical approximations.
At the end of this project, we will determine that the CR3022 Fab antibody shows
the best affinity to the RBD protein of the studied antibodies, having confirmed
this in the conformational and energetic analysis. The main interactions of the
other systems will also be determined.
gmail.com
