Automatic extraction of biomarkers from biopsy images Annotation tool EllipseLabelimg

Abstract

This End-of-Grade Project aims to make a system that allows to help in the annotation of tissue biopsy images. Firstly, a program detects the cells in the picture. This annotation must be corrected by a doctor in order to obtain a trustworthy labelling of the image. Therefore, the annotation tool allows to correctly annotate the cells, remove those that have been generated incorrectly and add any missing cells. We decided to make the tool with the MATLAB GUI, but we verified that it could not be done without the necessary license. We determined to modify an open source program, written in Python, so that it could be used by anyone. Then, I made the connectivity between the annotation made by the program and the annotation tool, so that the program could generate the previous annotation and be modified, in addition performs a score of the program's precision.

Este Trabajo de Fin de Grado trata de realizar un sistema que permita ayudar en la anotación de imágenes de biopsia de tejido. Para ello primero se ejecuta un programa que detecta las células en la imagen. Esta anotación previa debe ser corregida por un médico para poder obtener la anotación correcta de la imagen. Por ello el programa permite anotar correctamente las células, eliminar las que se han generado mal y añadir alguna que falte. Decidimos hacer la herramienta con la GUI de MATLAB, pero comprobamos que no se podía realizar sin la licencia necesaria. Optamos por modificar un programa de código abierto, escrito en Python, para que lo pudiera utilizar cualquier persona. Posteriormente realicé la conectividad entre la anotación realizada por el programa y el programa de anotación, para que este pudiera generar la anotación previa y ser modificada, además de obtener una puntuación de la precisión del programa.

Aquest Treball de Fi de Grau pretén realitzar un sistema que ajudi a l'anotació d'imatges de biòpsia de teixit. Primer de tot cal executar un programa que detecti cèl·lules dins l'imatge. Aquesta anotació prèvia ha de ser corregida per un metge per poder obtenir una anotació fidedigna de la imatge. És per això que el programa permet modificar, eliminar i afegir cèl·lules al primer etiquetatge. Vam decidir fer l'eina amb la GUI de MATLAB, però vam topar amb què no és podia fer sense la llicència necessària. Per tant, vam optar per modificar un programa de codi obert escrit en Python perquè el pogués utilitzar qualsevol persona. Posteriorment vaig realitzar la connectivitat entre l'anotació realitzada pel programa i el programa d'anotació, per tal què aquest pogués generar l'anotació prèvia i ser modificada, ademés d'obtenir una puntuació de la precisió del programa.