Reference databases for taxonomic assignment in metagenomics
Visualitza/Obre
Brief Bioinform-2012-Santamaria-682-95.pdf (614,1Kb) (Accés restringit)
Sol·licita una còpia a l'autor
Què és aquest botó?
Aquest botó permet demanar una còpia d'un document restringit a l'autor. Es mostra quan:
- Disposem del correu electrònic de l'autor
- El document té una mida inferior a 20 Mb
- Es tracta d'un document d'accés restringit per decisió de l'autor o d'un document d'accés restringit per política de l'editorial
Cita com:
hdl:2117/20108
Tipus de documentArticle
Data publicació2012-11
Condicions d'accésAccés restringit per política de l'editorial
Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i
industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva
reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització del titular dels drets
Abstract
Metagenomics is providing an unprecedented access to the environmental microbial diversity. The amplicon-based metagenomics approach involves the PCR-targeted sequencing of a genetic locus fitting different features. Namely, it must be ubiquitous in the taxonomic range of interest, variable enough to discriminate between different species but flanked by highly conserved sequences, and of suitable size to be sequenced through next-generation platforms. The internal transcribed spacers 1 and 2 (ITS1 and ITS2) of the ribosomal DNA operon and one or more hyper-variable regions of 16S ribosomal RNA gene are typically used to identify fungal and bacterial species, respectively.
In this context, reliable reference databases and taxonomies are crucial to sssign amplicon sequence reads to the correct phylogenetic ranks. Several resources provide consistent phylogenetic classification of publicly available 16S ribosomal DNA sequences, whereas the state of ribosomal internal transcribed spacers reference databases is notably less advanced. In this review, we aim to give an overview of existing reference resources for both types of markers, highlighting strengths and possible shortcomings of their use for metagenomics purposes. Moreover, we
present a new database, ITSoneDB, of well annotated and phylogenetically classified ITS1 sequences to be used as a reference collection in metagenomic studies of environmental fungal communities. ITSoneDB is available for download and browsing at http://itsonedb.ba.itb.cnr.it/.
CitacióSantamaria, M. [et al.]. Reference databases for taxonomic assignment in metagenomics. "Briefings in bioinformatics", Novembre 2012, vol. 13, núm. 6, p. 682-695.
ISSN1467-5463
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
---|---|---|---|---|
Brief Bioinform-2012-Santamaria-682-95.pdf | 614,1Kb | Accés restringit |