Bayesian model selection for the study of Hardy-Weinberg proportions and homogeneity of gender allele frequencies
Visualitza/Obre
Main article (2,898Mb) (Accés restringit)
Sol·licita una còpia a l'autor
Què és aquest botó?
Aquest botó permet demanar una còpia d'un document restringit a l'autor. Es mostra quan:
- Disposem del correu electrònic de l'autor
- El document té una mida inferior a 20 Mb
- Es tracta d'un document d'accés restringit per decisió de l'autor o d'un document d'accés restringit per política de l'editorial
Cita com:
hdl:2117/134111
Tipus de documentArticle
Data publicació2019-05-29
Condicions d'accésAccés restringit per política de l'editorial
Llevat que s'hi indiqui el contrari, els
continguts d'aquesta obra estan subjectes a la llicència de Creative Commons
:
Reconeixement-NoComercial-SenseObraDerivada 3.0 Espanya
Abstract
Standard statistical tests for Hardy-Weinberg equilibrium assume the equality of allele frequencies in the sexes, whereas tests for the equality of allele frequencies in the sexes assume Hardy–Weinberg equilibrium. This produces a circularity in the testing of genetic variants, which has recently been resolved with new frequentist likelihood and exact procedures. In this paper, we tackle the same problem by posing it as a Bayesian model comparison problem. We formulate an exhaustive
set of ten alternative scenarios for biallelic genetic variants. Using Dirichlet and Beta priors for genotype and allele frequencies, we derive marginal likelihoods for all scenarios, and select the most likely scenario using the posterior probabilities that each of these scenarios is the one in place. Different from the usual frequentist testing approach, the Bayesian approach allows one to compare any number of models, and not just two at a time, and the models compared do not have to be nested. We illustrate our Bayesian approach with genetic data from the 1,000 genomes project and through a simulation study.
CitacióPuig, X.; Ginebra, J.; Graffelman, J. Bayesian model selection for the study of Hardy-Weinberg proportions and homogeneity of gender allele frequencies. "Heredity", 29 Maig 2019.
ISSN0018-067X
Versió de l'editorhttps://www.nature.com/articles/s41437-019-0232-0
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
---|---|---|---|---|
HWP-EAFBayes16.pdf | Main article | 2,898Mb | Accés restringit |