Determinación de la estructura tridimensional de un péptido inhibidor del VIH mediante estudios de NMR y dinámica molecular

Abstract

El trabajo de ingeniería con biomoléculas implica enfrentarse a elementos de una magnitud muy pequeña, pero de una complejidad elevada. Para poder de alguna manera observar su comportamiento, es habitual recurrir a las herramientas de cálculo que las nuevas tecnologías ponen a la disposición de las personas actualmente. La dinámica molecular permite establecer estimaciones de comportamiento a partir de una serie de parámetros sobre las propiedades de las moléculas y su entorno. En este proyecto se recoge el uso de AMBER, un paquete de software para la dinámica molecular. El caso de estudio central es un péptido obtenido de una experimentación empírica previa enfocada a conseguir un inhibidor de VIH, el virus de la inmunodeficiencia humana. La intención de este trabajo es determinar la estructura secundaria que adoptará este péptido, es decir, la forma en la que se plegará, al encontrarse en el medio donde deberá desarrollar su función. Para ello, se llevan a cabo varias simulaciones con determinados cambios de condiciones para intentar discernir la mejor. Además, se aprovechan los resultados arrojados por un análisis de RMN, resonancia magnética nuclear, sobre la muestra experimental para precisar los resultados y facilitar la interpretación de los mismos.