Estudis estructurals sobre fragments de DNA de composició 100% AT

Abstract

El DNA és el component principal del material genètic de la majoria d’organismes. Es podria considerar com un magatzem d’informació que es transmet de generació en generació. Estan format per nucleòtids, constituïts d’un grup fosfat, una desoxiribosa (sucre) i una base nitrogenada. Conèixer la seva estructura química pot ajudar a entendre el mecanisme de funcionament. En aquest projecte s’han realitzat estudis estructurals de DNA amb seqüències riques en AT. Per una banda, l’objectiu ha estat intentar determinar l’estructura a nivell atòmic de tres seqüències de DNA, AT4A4T, ATA2TAT2AT, ATAT2A2TAT , utilitzant la cristal·lografia de raigs X, tècnica que ens permet un estudi detallat de l’estructura d’una molècula ja que s’utilitza una longitud d’ona comparable a les distàncies interatòmiques. Per altre banda, s’ha estudiat la interacció del DNA amb diferents fàrmacs per mitjà de la tècnica de dicroisme circular (DC). Els estudis de cristal·lització han permès obtenir diversos cristalls de les diferents seqüències però únicament s’han pogut processar els diagrames de difracció de la AT4A4T, no arribant a una validació de l’estructura ja que no s’ha aconseguit obtenir un model exacte a través del reemplaç molecular. Es creu que el cristall difractat possiblement presenti dos possibles estructures. El grup espacial amb el que s’ha obtingut unes millors estadístiques és C2, donat uns paràmetres de cel·la 76,9X44,4X69,1 Ǻ, 90º, 111,58º, 90º. Els estudis de DC han permès veure la interacció de cinc timines i algunes amines sobre diverses seqüències de DNA, (AT)7, A(AT)5T, CG(AT)5, A6T6 i CGC3GCG3C. A més a més s’han calculat corbes de fusió dels diversos oligos i s’ha comprovat l’efecte de la sal i la concentració. S’ha pogut observar com els canvis estructurals induïts per les timines són molt petits sobre (AT)7 i més significatius sobre la resta de seqüències. Pel que fa les amines pràcticament no tenen efecte. Únicament sobre la seqüència A6T6 , les amines codificades com a 927 i 928 s’aprecia que ocasionen un canvi significatiu en l’espectre de DC que caldria complementar amb d’altres tècniques d’estudi estructurals.