Determinación de la estructura de secuencias de ADN del tipo A(AT)nT
Tipus de documentProjecte/Treball Final de Carrera
Data2005-09
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Descripció
El ADN es una molécula de importancia vital en los organismos vivos, ya que están directamente relacionados con el material genético de las células. Está formado por una cadena de nucleótidos: adenina (A), citosina (C), guanina (G) y timina (T). Conocer a fondo las posibles estructuras químicas que puede tener el ADN puede ayudar a descubrir su mecanismo de funcionamiento. Este proyecto se centra únicamente en aquellas secuencias de ADN de la forma A(AT)nT, con n igual a 3, 4 y 5; puesto que apenas hay información sobre la estructura de secuencias que contienen únicamente A y T.
Para conocer la estructura a nivel atómico de una molécula es preciso utilizar una radiación de longitud de onda comparable a las distancias interatómicas, por lo que la difracción de rayos X es una de las técnicas que permiten un estudio más detallado de la estructura de una molécula. Al interaccionar con los electrones de los átomos dan lugar a diagramas de difracción que, cuando la muestra es un cristal, están formados por manchas más o menos redondas y dispuestas regularmente sobre la imagen.
Los diagramas de difracción son analizados mediante programas informáticos (HKL – Denzo y Scalepack) para saber:
- celdilla del cristal, grupo espacial y simetría
- intensidad de cada difracción
Y utilizando un modelo similar y la información anteriormente citada, puede emplearse la metodología del reemplazo molecular para obtener la estructura del cristal. Si la secuencia contiene átomos pesados, puede usarse la técnica MAD para hallar la solución.
Se han obtenido múltiples cristales para la secuencia A(AT)4T, pero la resolución de los datos no llegaba para poder conseguir un modelo exacto a través del reemplazo molecular. No obstante, se ha encontrado la celdilla del cristal (44,7x44,7x197,7 Å, 90º 90º 120º) y el empaquetamiento de los dúplex en columnas. El grupo espacial con el que mejores resultados se han obtenido es P3221. Para intentar resolver la secuencia A(AT)4T por MAD, se cristalizó la misma secuencia pero cambiando una T por un bromo-uracilo, ya que tienen un volumen similar, pero el procesado de dichos cristales no ha podido utilizarse por el momento.
De las secuencias A(AT)3T y A(AT)5T se han obtenido cristales ya analizados, pero la resolución no era suficiente como para intentar resolver la estructura. Así, se ha calculado la celdilla de cada cristal, dato que servirá para un estudio posterior de patrones de cristalización en secuencias ricas en A-T y debido a similitudes con la secuencia anterior, es posible que también tengan una estructura en columnas.
TitulacióENGINYERIA QUÍMICA (Pla 2000)
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
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41357-1.pdf | Memoria | 1,737Mb | Visualitza/Obre | |
41357-2.pdf | Anexo 1/2 | 647,5Kb | Visualitza/Obre | |
41357-3.pdf | Anexo 2/2 | 1,331Mb | Visualitza/Obre |