Cristal·lització de DNA ric en AT's en presència de fàrmacs

Abstract

En aquest treball s’han realitzat estudis estructurals d’oligonucleòtids rics en parells de bases adenina i timina. En concret hem fet assaigs de cristal·litazió amb dos decàmers i dos dodecàmers que son els següents: • d(ATATATATAT)2 que abreugem com (AT)5 • d(AATATATATT)2 que abreugem com A(AT)4T • d(CGATATATATCG)2 que abreugem com CG(AT)4CG • d(AATATATATATT)2 que abreugem com A(AT)5T Aquest oligonucleòtids rics en AT’s son representatius de grans zones del genoma comunes a tots els organismes, conegudes com non coding DNA, les quals no codifiquen per cap proteïna i es desconeix la funció biològica que puguin tenir. L’objectiu ha estat formar complexes d’aquests troçets de DNA amb fàrmacs que interaccionen en el solc menor del mateix, coneguts com minor groove binders, i resoldre la seva estructura. Les drogues utilitzades han estat la pentamidina, el DAPi i el CD-27. Això s’ha fet mitjançant la tècnica de difracció de raigs X de monocristall. Aquesta tècnica és molt precisa i pot arribar a resolucions atòmiques ja que utilitza longituds d’ona comparables a les distàncies interatòmiques , tot i que com a inconvenients té que és una tècnia molt cara, lenta i laboriosa. Com ha resultat dels assaigs cristal·logràfics s’han obtingut diversos cristalls bons, els quals han estat difractats una part al sincrotró de Grenoble (ESRF) i l’altre a la Plataforma Automatitzada de Cristal·lografia del Parc Científic de Barcelona. De tots ells, els millors resultats han estat per un cristall format per (AT)5 i pentamidina. Ja havíem fet estudis previs d’aquesta estructura, però aquesta vegada hem pogut resoldre-la a alta resolució i veure aspectes importants que no quedaven clars. La pentamidina es troba al solc menor central del dúplex, establint interaccions electrostàtiques a través dels seus extrems carregats amb les fosfats d’oligonucleòtids veïns, fent així una tasca d’entrecreuament cross-linking i estabilitzant l’estructura. Aquesta interacció fàrmac-DNA no te antecedents bibliogràfics.