Randomized tree construction algorithm to explore energy landscapes

Carregant...
Miniatura
El pots comprar en digital a:
El pots comprar en paper a:

Projectes de recerca

Unitats organitzatives

Número de la revista

Títol de la revista

ISSN de la revista

Títol del volum

Col·laborador

Editor

Tribunal avaluador

Realitzat a/amb

Tipus de document

Article

Data publicació

Editor

Condicions d'accés

Accés obert

item.page.rightslicense

Creative Commons
Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i industrial corresponents. Llevat que s'hi indiqui el contrari, els seus continguts estan subjectes a la llicència de Creative Commons: Reconeixement-NoComercial-SenseObraDerivada 3.0 Espanya

Assignatures relacionades

Assignatures relacionades

Publicacions relacionades

Datasets relacionats

Datasets relacionats

Projecte CCD

Abstract

We report in the present work a new method for exploring conformational energy landscapes. The method, called T-RRT, combines ideas from statistical physics and robot path planning algorithms. A search tree is constructed on the conformational space starting from a given state. The tree expansion is driven by a double strategy: on the one hand, it is naturally biased towards yet unexplored regions of the space; on the other, a Monte Carlo-like transition test guides the expansion toward energetically favorable regions. The balance between these two strategies is automatically achieved thanks to a self-tuning mechanism. The method is able to efficiently find both, energy minima and transition paths between them. As a proof of concept, the method is applied to two academic benchmarks and to the alanine dipeptide.

Descripció

Persones/entitats

Document relacionat

Versió de

Citació

Jaillet, L. [et al.]. Randomized tree construction algorithm to explore energy landscapes. "Journal of computational chemistry", Desembre 2011, vol. 32, núm. 16, p. 3464-3474.

Ajut

Forma part

Dipòsit legal

ISBN

ISSN

0192-8651

Versió de l'editor

Altres identificadors

Referències