Randomized tree construction algorithm to explore energy landscapes
Títol de la revista
ISSN de la revista
Títol del volum
Col·laborador
Editor
Tribunal avaluador
Realitzat a/amb
Tipus de document
Data publicació
Editor
Condicions d'accés
item.page.rightslicense
Publicacions relacionades
Datasets relacionats
Projecte CCD
Abstract
We report in the present work a new method for exploring conformational energy landscapes. The method, called T-RRT, combines ideas from statistical physics and robot path planning algorithms. A search tree is constructed on the conformational space starting from a given state. The tree expansion is driven by a double strategy: on the one hand, it is naturally biased towards yet unexplored regions of the space; on the other, a Monte Carlo-like transition test guides the expansion toward energetically favorable regions. The balance between these two strategies is automatically achieved thanks to a self-tuning mechanism. The method is able to efficiently find both, energy minima and transition paths between them. As a proof of concept, the method is applied to two academic benchmarks and to the alanine dipeptide.
Descripció
Persones/entitats
Document relacionat
Versió de
Citació
Ajut
Forma part
Dipòsit legal
ISBN
ISSN
Versió de l'editor
Altres identificadors
Referències
Col·leccions
ROBiri - Grup de Percepció i Manipulació Robotitzada de l'IRI - Articles de revista
ENGMOL - Enginyeria Molecular - Articles de revista
IRI - Institut de Robòtica i Informàtica Industrial, CSIC-UPC - Articles de revista
Departament d'Enginyeria Química - Articles de revista


