Physics-based visual characterization of molecular interaction forces

Carregant...
Miniatura
El pots comprar en digital a:
El pots comprar en paper a:

Projectes de recerca

Unitats organitzatives

Número de la revista

Títol de la revista

ISSN de la revista

Títol del volum

Cita com:

Col·laborador

Editor

Tribunal avaluador

Realitzat a/amb

Tipus de document

Article

Data publicació

Editor

Condicions d'accés

Accés obert

Llicència

Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització de la persona titular dels drets

Assignatures relacionades

Assignatures relacionades

Publicacions relacionades

Datasets relacionats

Datasets relacionats

Projecte CCD

Abstract

Molecular simulations are used in many areas of biotechnology, such as drug design and enzyme engineering. Despite the development of automatic computational protocols, analysis of molecular interactions is still a major aspect where human comprehension and intuition are key to accelerate, analyze, and propose modifications to the molecule of interest. Most visualization algorithms help the users by providing an accurate depiction of the spatial arrangement: the atoms involved in inter-molecular contacts. There are few tools that provide visual information on the forces governing molecular docking. However, these tools, commonly restricted to close interaction between atoms, do not consider whole simulation paths, long-range distances and, importantly, do not provide visual cues for a quick and intuitive comprehension of the energy functions (modeling intermolecular interactions) involved. In this paper, we propose visualizations designed to enable the characterization of interaction forces by taking into account several relevant variables such as molecule-ligand distance and the energy function, which is essential to understand binding affinities. We put emphasis on mapping molecular docking paths obtained from Molecular Dynamics or Monte Carlo simulations, and provide time-dependent visualizations for different energy components and particle resolutions: atoms, groups or residues. The presented visualizations have the potential to support domain experts in a more efficient drug or enzyme design process.

Descripció

Persones/entitats

Document relacionat

Versió de

Citació

Hermosilla, P., Estrada, J., Guallar, V., Ropinski, T., Vinacua, A., Vázquez, P. Physics-based visual characterization of molecular interaction forces. "IEEE transactions on visualization and computer graphics", 1 Gener 2017, vol. 23, núm. 1, p. 731-740.

Ajut

Forma part

Dipòsit legal

ISBN

ISSN

1077-2626

Altres identificadors

Referències