Lessons Learned from a Performance Analysis and Optimization of a Multiscale Cellular Simulation
Carregant...
Fitxers
El pots comprar en digital a:
El pots comprar en paper a:
Títol de la revista
ISSN de la revista
Títol del volum
Col·laborador
Editor
Tribunal avaluador
Realitzat a/amb
Tipus de document
Comunicació de congrés
Data publicació
Editor
Association for Computing Machinery (ACM)
Condicions d'accés
Accés obert
Llicència
Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització de la persona titular dels drets
Publicacions relacionades
Datasets relacionats
Projecte CCD
Abstract
This work presents a comprehensive performance analysis and optimization of a multiscale agent-based cellular simulation. The optimizations applied are guided by detailed performance analysis and include memory management, load balance, and a locality-aware parallelization. The outcome of this paper is not only the speedup of 2.4x achieved by the optimized version with respect to the original PhysiCell code, but also the lessons learned and best practices when developing parallel HPC codes to obtain efficient and highly performant applications, especially in the computational biology field.
Descripció
Persones/entitats
Document relacionat
Versió de
Citació
Clasca, M. [et al.]. Lessons Learned from a Performance Analysis and Optimization of a Multiscale Cellular Simulation. A: Platform for Advanced Scientific Computing Conference. "PASC '23: Platform for Advanced Scientific Computing Conference: June 26 - 28, 2023, Davos Switzerland". New York: Association for Computing Machinery (ACM), 2023, ISBN 979-8-4007-0190-0. DOI 10.1145/3592979.3593403.
Ajut
Forma part
Dipòsit legal
ISBN
979-8-4007-0190-0