La creixent demanda per part dels consumidors de varietats de tomàquets (Solanum lycopersicum L.) amb una elevada qualitat organolèptica, ha fet que guanyi rellevància el desenvolupament d’una eina de fenotipat del valor sensorial. A l’espera de que es perfeccionin altres mètodes indirectes de fenotipat (anàlisi química, anàlisi d’infraroig proper), l’anàlisi sensorial mitjançant panels de tast entrenats, és l’eina més eficaç per avaluar atributs organolèptics. Però ens trobem davant una problemàtica ja que el tomàquet presenta una alta heterogeneïtat intra-varietal i intra-fruit, dos factors que comporten importants errors experimentals a l’hora d’avaluar el valor genotípic dels atributs sensorials. Per tal d’ampliar el coneixement sobre la variabilitat entre les diferents estructures del fruit (gel i pericarpi) i entre fruits d’una mateixa varietat, s’ha estudiat la composició química de 16 varietats del tipus tradicional Montserrat/Pera de Girona i altres varietats de tomàquet d’amanir. L’anàlisi dels compostos químics que tenen impacte sobre el perfil sensorial (pH, acidesa valorable, ºBrix, matèria seca) ha permès quantificar les diferències existents entre el gel i el pericarpi i entre els fruits d’una mateixa varietat. Els resultats mostren que el factor part del fruit (gel/pericarpi) és significatiu per totes les variables estudiades, essent els valors de l’acidesa valorable, la matèria seca, els ºBrix i el pH superiors en el gel. D’altra banda la variació entre fruits d’un mateix genotip és considerable per la major part de variables, a excepció de la variable pH. El coeficient de variació entre fruits d’un mateix genotip oscil·la entre el 12,5 i el 23,4% pel gel i el 8,1 i el 22,0% pel pericarpi. Aquesta heterogeneïtat intra-varietal detectada, indica que el fenotipat de caràcters químics en tomàquet requereix d’un bon disseny experimental que permeti capturar eficientment el valor mitjà i la desviació dels valors individuals de cada fruit. Respecte a l’anàlisi sensorial, la metodologia proposada d’emprar un triturat de tomàquet provinent de diferents fruits per avaluar els caràcters relacionats amb el gust sembla la més adient per evitat l’error provocat per l’heterogeneïtat intra-varietal i intra-fruit en les valoracions del panel.