Interactive GPU-based generation of solvent-excluded surfaces

Carregant...
Miniatura
El pots comprar en digital a:
El pots comprar en paper a:

Projectes de recerca

Unitats organitzatives

Número de la revista

Títol de la revista

ISSN de la revista

Títol del volum

Col·laborador

Tribunal avaluador

Realitzat a/amb

Tipus de document

Article

Data publicació

Editor

Springer

Condicions d'accés

Accés obert

item.page.rightslicense

Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització de la persona titular dels drets

Assignatures relacionades

Assignatures relacionades

Publicacions relacionades

Datasets relacionats

Datasets relacionats

Projecte CCD

Abstract

The solvent-excluded surface (SES) is a popular molecular representation that gives the boundary of the molecular volume with respect to a specific solvent. SESs depict which areas of a molecule are accessible by a specific solvent, which is represented as a spherical probe. Despite the popularity of SESs, their generation is still a compute-intensive process, which is often performed in a preprocessing stage prior to the actual rendering (except for small models). For dynamic data or varying probe radii, however, such a preprocessing is not feasible as it prevents interactive visual analysis. Thus, we present a novel approach for the on-the-fly generation of SESs, a highly parallelizable, grid-based algorithm where the SES is rendered using ray-marching. By exploiting modern GPUs, we are able to rapidly generate SESs directly within the mapping stage of the visualization pipeline. Our algorithm can be applied to large time-varying molecules and is scalable, as it can progressively refine the SES if GPU capabilities are insufficient. In this paper, we show how our algorithm is realized and how smooth transitions are achieved during progressive refinement. We further show visual results obtained from real-world data and discuss the performance obtained, which improves upon previous techniques in both the size of the molecules that can be handled and the resulting frame rate.

Descripció

Persones/entitats

Document relacionat

item.page.versionof

Citació

Hermosilla, P., Krone, M., Guallar, V., Vázquez, P., Vinacua, A., Ropinski, T. Interactive GPU-based generation of solvent-excluded surfaces. "The visual computer", 8 Maig 2017, vol. 33, núm. 6, p. 869-881.

Ajut

Forma part

Dipòsit legal

ISBN

ISSN

0178-2789

Altres identificadors

Referències