Inferring the microscopic surface energy of protein-protein interfaces from mutation data

Carregant...
Miniatura
El pots comprar en digital a:
El pots comprar en paper a:

Projectes de recerca

Unitats organitzatives

Número de la revista

Títol de la revista

ISSN de la revista

Títol del volum

Col·laborador

Editor

Tribunal avaluador

Realitzat a/amb

Tipus de document

Article

Data publicació

Editor

Wiley

Condicions d'accés

Accés obert

item.page.rightslicense

Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització de la persona titular dels drets

Assignatures relacionades

Assignatures relacionades

Publicacions relacionades

Datasets relacionats

Datasets relacionats

Projecte CCD

Abstract

Mutations at protein-protein recognition sites alter binding strength by altering the chemical nature of the interacting surfaces. We present a simple surface energy model, parameterised with empirical DDG values, yielding mean energies of -48 cal.mol−1.°A−2 for interactions between hydrophobic surfaces, -51 to -80 cal.mol−1.°A −2 for surfaces of complementary charge, and 66 to 83 cal.mol−1.°A−2 for electrostatically repelling surfaces, relative to the aqueous phase. This places the mean energy of hydrophobic surface burial at -24 cal.mol−1.°A−2. Despite neglecting configurational entropy and intramolecular changes, the model correlates with empirical binding free energies of a functionally diverse set of rigid-body interactions (r=0.66). When used to rerank docking poses, it can place near-native solutions in the top 10 for 37% of the complexes evaluated, and 82% in the top 100. The method shows that hydrophobic burial is the driving force for protein association, accounting for 50-95% of the cohesive energy. The model is available opensource from http://life.bsc.es/pid/web/surface_energy/ and via the CCharpPPI web server http://life.bsc.es/pid/ccharppi/.

Descripció

Persones/entitats

Document relacionat

Versió de

Citació

Moal, Iain H.; Dapkūnas, Justas; Fernández-Recio, Juan. Inferring the microscopic surface energy of protein-protein interfaces from mutation data. "Proteins", Abril 2015, vol. 83, núm. 4, p. 640-650.

Ajut

Forma part

Dipòsit legal

ISBN

ISSN

0887-3585

Altres identificadors

Referències