|
Treballs academics UPC >
Facultat d'Informàtica de Barcelona >
Enginyeria Informàtica (Pla 2003) >
Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem:
http://hdl.handle.net/2099.1/16165
|
| Títol: | Motif discovery using optimized suffix tries |
| Autor: | Prado Martínez, Sergio |
| Tutor/director/avaluador: | Witte, Dieter De |
| Universitat: | Universitat Politècnica de Catalunya
Universiteit Gent |
| Matèries: | Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica
Computer algorithms
DNA
suffix trie
motif discovery
degeneracy
Algorismes genètics
ADN |
| Data: | 3-des-2012 |
| Tipus de document: | Master thesis (pre-Bologna period) |
| Resum: | En el present article es presenta una implementació d'un Suffix Trie optimitzat. Nosaltres explicarem el seu disseny i presentarem un algorisme per Motif Discovery. |
| Descripció: | Motif discovery is a challenging problem from a computational point of view [5] [6]. Binding sites are better conserved in DNA because they have a biological function and are therefore under selective pressure. Motif discovery algorithms can help us detect them.
To tackle our problem we design and implement an index structure and a motif discovery algorithm. In this thesis we will investigate memory and performance optimizations. |
| URI: | http://hdl.handle.net/2099.1/16165 |
| Condicions d'accés: | Open Access |
| Apareix a les col·leccions: | Enginyeria Informàtica (Pla 2003)
|
| Comparteix: |
|
Mostra les estadístiques d'aquest ítem
Queda prohibida la reproducció, transformació, distribució i comunicació pública d'aquesta obra. Es permet, en tot cas, la reproducció per a ús privat sempre i quan la còpia que se'n faci no sigui objecte d'utilització col·lectiva ni lucrativa (art. 31.2 del Reial Decret Legislatiu 1/1996, de 12 d'abril, pel qual s'aprova el Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual, http://bibliotecnica.upc.es/sepi/legislacio.asp).
Per a qualsevol ús que es vulgui fer diferent al permès, dirigiu-vos a: sepi@upc.edu
|
English
Castellano
Català
