PARMBSC1: A refined force-field for DNA simulations
Visualitza/Obre
Cita com:
hdl:2117/84332
Tipus de documentArticle
Data publicació2015-11-16
EditorNature Publishing Group
Condicions d'accésAccés obert
Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i
industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva
reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització del titular dels drets
ProjecteESTUDIO DE FORMAS INUSUALES O TENSIONADAS DE LOS ACIDOS NUCLEICOS DE POTENCIAL INTERES BIOMEDICO O BIOTECNOLOGICO (MINECO-BIO2012-32868)
SIMDNA - Advanced multiscale simulation of DNA (EC-FP7-291433)
BioExcel - Centre of Excellence for Biomolecular Research (EC-H2020-675728)
HoogsCG - Development of a multiscale modeling strategy to decipher how hybrid DNA%2FRNA triplexes and G-quadruplexes affect gene expression regulation (EC-H2020-654812)
SIMDNA - Advanced multiscale simulation of DNA (EC-FP7-291433)
BioExcel - Centre of Excellence for Biomolecular Research (EC-H2020-675728)
HoogsCG - Development of a multiscale modeling strategy to decipher how hybrid DNA%2FRNA triplexes and G-quadruplexes affect gene expression regulation (EC-H2020-654812)
Abstract
We present parmbsc1, a force field for DNA atomistic simulation, which has been parameterized from high-level quantum mechanical data and tested for nearly 100 systems (representing a total simulation time of ~140 μs) covering most of DNA structural space. Parmbsc1 provides high-quality results in diverse systems. Parameters and trajectories are available at http://mmb.irbbarcelona.org/ParmBSC1/.
CitacióIvani, Ivan [et al.]. PARMBSC1: A refined force-field for DNA simulations. "Nature Methods", 16 Novembre 2015, vol. 13, p. 55-58.
ISSN1548-7091
Versió de l'editorhttp://www.nature.com/nmeth/journal/v13/n1/full/nmeth.3658.html
Col·leccions
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
---|---|---|---|---|
PARMBSC1 A REFINED.pdf | 3,902Mb | Visualitza/Obre |