Preliminary analysis of the cell BE processor limitations for sequence alignment applications
Visualitza/Obre
Preliminary analysis of the cell BE processor.pdf (484,7Kb) (Accés restringit)
Sol·licita una còpia a l'autor
Què és aquest botó?
Aquest botó permet demanar una còpia d'un document restringit a l'autor. Es mostra quan:
- Disposem del correu electrònic de l'autor
- El document té una mida inferior a 20 Mb
- Es tracta d'un document d'accés restringit per decisió de l'autor o d'un document d'accés restringit per política de l'editorial
Cita com:
hdl:2117/8124
Tipus de documentText en actes de congrés
Data publicació2008-07-21
EditorSpringer
Condicions d'accésAccés restringit per política de l'editorial
Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i
industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva
reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització del titular dels drets
Abstract
The fast growth of bioinformatics field has attracted the attention of computer scientists in the last few years. At the same time the increasing database sizes require greater efforts to improve the computational performance. From a computer architecture point of view, we intend to investigate how bioinformatics applications can benefit from future multi-core processors. In this paper we present a preliminary study of the Cell BE processor limitations when executing two representative sequence alignment applications (Ssearch and ClustalW). The inherent large parallelism of the targeted algorithms makes them ideal for architectures supporting multiple dimensions of parallelism (TLP and DLP). However, in the case of Cell BE we identified several architectural limitations that need a careful study and quantification.
CitacióIsaza, S.; Sánchez, F.; Gaydadjiev, G.; Ramírez, A.; Valero, M. Preliminary analysis of the cell BE processor limitations for sequence alignment applications. A: International Workshop on Systems, Architectures, Modeling and Simulation. "Embedded Computer Systems: Architectures, Modeling, and Simulation: 8th International Workshop, SAMOS 2008: Samos, Greece, July 21-24, 2008: proceedings". Springer, 2008, p. 53-64.
ISBN978-3-540-70549-9
Versió de l'editorhttp://www.springerlink.com/content/27qk72826288m331/fulltext.pdf
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
---|---|---|---|---|
Preliminary analysis of the cell BE processor.pdf | 484,7Kb | Accés restringit |