Quantitative analysis of sequence alignment applications on multiprocessor architectures
Visualitza/Obre
p61-castano.pdf (662,7Kb) (Accés restringit)
Sol·licita una còpia a l'autor
Què és aquest botó?
Aquest botó permet demanar una còpia d'un document restringit a l'autor. Es mostra quan:
- Disposem del correu electrònic de l'autor
- El document té una mida inferior a 20 Mb
- Es tracta d'un document d'accés restringit per decisió de l'autor o d'un document d'accés restringit per política de l'editorial
Tipus de documentText en actes de congrés
Data publicació2009
EditorACM Press. Association for Computing Machinery
Condicions d'accésAccés restringit per política de l'editorial
Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i
industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva
reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització del titular dels drets
Abstract
The exponential growth of databases that contains biological information (such as protein and DNA data) demands great efforts to improve the performance of computational platforms. In this work we investigate how bioinformatics applications benefit from parallel architectures that combine different alternatives to exploit coarseand
fine-grain parallelism. As a case of analysis we study the performance behavior of the search application that implements the
Smith-Waterman algorithm, which is a dynamic programing approach that explores the similarity between a pair of sequences.
The inherent large parallelism of the algorithm makes it ideal for architectures supporting multiple dimensions of parallelism (TLP, DLP and ILP). We study how this algorithm can take advantage of
different parallel machines like the SGI Altix, IBM Power6, Cell BE machines and MareNostrum. Our results show that a share
memory architecture like the PowerPC 970MP of Marenostrum can surpass a heterogeneous machine like the current Cell BE. Our
quantitative analysis includes not only a study of scalability of the performance in terms of speedup, but also includes the analysis of bottlenecks in the execution of the application. This analysis is carried out through the study of the execution phases that the application presents.
CitacióSanchez, F.; Ramirez, A.; Valero, M. Quantitative analysis of sequence alignment applications on multiprocessor architectures. A: ACM International Conference on Computing Frontiers and Workshops. "6th ACM International Conference on Computing Frontiers and Workshops". Ischia: ACM Press. Association for Computing Machinery, 2009, p. 61-70.
ISBN978-1-60558-413-3
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
---|---|---|---|---|
p61-castano.pdf | 662,7Kb | Accés restringit |