Long DNA sequence comparison on multicore architectures
Visualitza/Obre
Article principal (607,5Kb) (Accés restringit)
Sol·licita una còpia a l'autor
Què és aquest botó?
Aquest botó permet demanar una còpia d'un document restringit a l'autor. Es mostra quan:
- Disposem del correu electrònic de l'autor
- El document té una mida inferior a 20 Mb
- Es tracta d'un document d'accés restringit per decisió de l'autor o d'un document d'accés restringit per política de l'editorial
Cita com:
hdl:2117/10925
Tipus de documentText en actes de congrés
Data publicació2010
EditorSpringer Verlag
Condicions d'accésAccés restringit per política de l'editorial
Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i
industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva
reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització del titular dels drets
Abstract
Biological sequence comparison is one of the most important tasks in Bioinformatics. Due to the growth of biological databases, sequence comparison is becoming an important challenge for high performance computing, especially when very long sequences are compared.
The Smith-Waterman (SW) algorithm is an exact method based on dynamic programming to quantify local similarity between sequences. The inherent large parallelism of the algorithm makes it ideal for architectures supporting multiple dimensions of parallelism (TLP, DLP and ILP). In this work, we show how long sequences comparison takes advantage of current and future multicore architectures. We analyze two different SW implementations on the CellBE and use simulation tools to study the performance scalability in a multicore architecture. We study the memory organization that delivers the maximum bandwidth with the minimum cost. Our results show that a heterogeneous architecture is an valid alternative to execute challenging bioinformatic workloads.
CitacióSánchez, F., Cabarcas, F., Ramírez, A., Valero, M. Long DNA sequence comparison on multicore architectures. A: EURO-PAR, International European Conference on Parallel and Distributed Computing. "Euro-Par 2010, Parallel Processing: 16th International Euro-Par Conference: Ischia, Italy, August 31-September 3, 2010: proceedings, part II". Ischia: Springer Verlag, 2010, p. 247-259.
Versió de l'editorhttp://www.springerlink.com/content/8h06256153073pt5/
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
---|---|---|---|---|
main.pdf | Article principal | 607,5Kb | Accés restringit |