pyDockDNA: a new approach for protein-DNA docking
Visualitza/Obre
Estadístiques de LA Referencia / Recolecta
Inclou dades d'ús des de 2022
Cita com:
hdl:2117/107868
Tipus de documentText en actes de congrés
Data publicació2017-05-04
EditorBarcelona Supercomputing Center
Condicions d'accésAccés obert
Llevat que s'hi indiqui el contrari, els
continguts d'aquesta obra estan subjectes a la llicència de Creative Commons
:
Reconeixement-NoComercial-SenseObraDerivada 3.0 Espanya
Abstract
Here we present pyDockDNA, which is based on the pyDock program, with a new module for reading and parsing DNA molecules. The protocol is composed of two major steps: sampling and scoring. The first sampling step consists in the generation of 10,000 protein-DNA docking models by FTDock [5]. This program takes a protein and a nucleic acid coordinate file, discretizes the molecules into corresponding 3D grids, and computes their geometric correlation by using Fast Fourier Transform algorithms to speed up the translations between the two molecules.
CitacióRodríguez-Lumbreras, L. Á.; Jiménez-García, B.; Fernández-Recio, J. pyDockDNA: a new approach for protein-DNA docking. A: BSC Severo Ochoa International Doctoral Symposium (4th: 2017: Barcelona). "Book of abstracts". Barcelona: Barcelona Supercomputing Center, 2017, p. 49.
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
---|---|---|---|---|
pyDockDNA.pdf | 600,8Kb | Visualitza/Obre |