DSpace DSpace UPC
 Català   Castellano   English  

E-prints UPC >
Altres >
Enviament des de DRAC >

Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem: http://hdl.handle.net/2117/8047

Arxiu Descripció MidaFormat
Scalability analysis of progressive alignement on a multicore.pdf331,08 kBAdobe PDFThumbnail
Veure/Obrir

Citació: Isaza, S. [et al.]. Scalability analysis of progressive alignment in a multicore. A: CISIS. "2010 International Conference on Complex, Intelligent and Software Intensive Systems". Cracovia: IEEE Press. Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2010, p. 889-894.
Títol: Scalability analysis of progressive alignment in a multicore
Autor: Isaza, Sebastian; Sánchez Castaño, Friman Veure Producció científica UPC; Gaydadjiev, Georgi; Ramírez Bellido, Alejandro Veure Producció científica UPC; Valero Cortés, Mateo Veure Producció científica UPC
Editorial: IEEE Press. Institute of Electrical and Electronics Engineers
Data: 2010
Tipus de document: Conference report
Resum: Sequence alignment is a fundamental instrument in Bioinformatics. In recent years, numerous proposals have been addressing the problem of accelerating this class of applications. This, due to the rapid growth of sequence databases in combination with the high computational demands imposed by the algorithms. In this paper we focus on the analysis of the progressive alignment in ClustalW, a widely used program for performing multiple sequence alignment. We have parallelized ClustalW for the Cell processor architecture and have carefully analyzed the scalability of its different phases with both the number of cores used and the input size. Experimental results show that computing profile scores scales well up to 16 SPE cores. With the increase of the input size, profiles initialization in the PPE core becomes the predominant bottleneck.
URI: http://hdl.handle.net/2117/8047
Apareix a les col·leccions:CAP - Grup de Computació d´Altes Prestacions. Ponències/Comunicacions de congressos
Departament d'Arquitectura de Computadors. Ponències/Comunicacions de congressos
Altres. Enviament des de DRAC
Comparteix:


Stats Mostra les estadístiques d'aquest ítem

SFX Query

Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització del titular dels drets.

Per a qualsevol ús que se'n vulgui fer no previst a la llei, dirigiu-vos a: sepi.bupc@upc.edu

 

Valid XHTML 1.0! Programari DSpace Copyright © 2002-2004 MIT and Hewlett-Packard Comentaris
Universitat Politècnica de Catalunya. Servei de Biblioteques, Publicacions i Arxius