DSpace DSpace UPC
 Català   Castellano   English  

E-prints UPC >
Altres >
Enviament des de DRAC >

Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem: http://hdl.handle.net/2117/7146

Arxiu Descripció MidaFormat
getPDFWoK.pdf1,92 MBAdobe PDFThumbnail
Veure/Obrir

Citació: Cardona, G.; Rosselló, F.; Valiente, G. Comparison of Tree-Child Phylogenetic Networks. "IEEE-ACM transactions on computational biology and bioinformatics", 03 Novembre 2009, vol. 6, núm. 4, p. 552-569.
Títol: Comparison of Tree-Child Phylogenetic Networks
Autor: Cardona, Gabriel; Rosselló, Francesc; Valiente Feruglio, Gabriel Alejandro Veure Producció científica UPC
Data: 3-nov-2009
Tipus de document: Article
Resum: Phylogenetic networks are a generalization of phylogenetic trees that allow for the representation of nontreelike evolutionary events, like recombination, hybridization, or lateral gene transfer. While much progress has been made to find practical algorithms for reconstructing a phylogenetic network from a set of sequences, all attempts to endorse a class of phylogenetic networks (strictly extending the class of phylogenetic trees) with a well-founded distance measure have, to the best of our knowledge and with the only exception of the bipartition distance on regular networks, failed so far. In this paper, we present and study a new meaningful class of phylogenetic networks, called tree-child phylogenetic networks, and we provide an injective representation of these networks as multisets of vectors of natural numbers, their path multiplicity vectors. We then use this representation to define a distance on this class that extends the well-known Robinson-Foulds distance for phylogenetic trees and to give an alignment method for pairs of networks in this class. Simple polynomial algorithms for reconstructing a tree-child phylogenetic network from its path multiplicity vectors, for computing the distance between two tree-child phylogenetic networks and for aligning a pair of tree-child phylogenetic networks, are provided. They have been implemented as a Perl package and a Java applet, which can be found at http://bioinfo.uib.es/~recerca/phylonetworks/mudistance/.
ISSN: 1545-5963
URI: http://hdl.handle.net/2117/7146
DOI: 10.1109/TCBB.2007.70270
Versió de l'editor: http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs_all.jsp?arnumber=4407681
Apareix a les col·leccions:ALBCOM - Algorismia, Bioinformàtica, Complexitat i Mètodes Formals. Articles de revista
Departament de Llenguatges i Sistemes Informàtics. Articles de revista
Altres. Enviament des de DRAC
Comparteix:


Stats Mostra les estadístiques d'aquest ítem

SFX Query

Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització del titular dels drets.

Per a qualsevol ús que se'n vulgui fer no previst a la llei, dirigiu-vos a: sepi.bupc@upc.edu

 

Valid XHTML 1.0! Programari DSpace Copyright © 2002-2004 MIT and Hewlett-Packard Comentaris
Universitat Politècnica de Catalunya. Servei de Biblioteques, Publicacions i Arxius