DSpace DSpace UPC
 Català   Castellano   English  

E-prints UPC >
Altres >
Enviament des de DRAC >

Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem: http://hdl.handle.net/2117/7112

Ítem no disponible en accés obert per política de l'editorial

Arxiu Descripció MidaFormat
p61-castano.pdf662,78 kBAdobe PDF Accés restringit

Citació: Sanchez, F.; Ramirez, A.; Valero, M. Quantitative analysis of sequence alignment applications on multiprocessor architectures. A: ACM International Conference on Computing Frontiers and Workshops. "6th ACM International Conference on Computing Frontiers and Workshops". Ischia: ACM Press. Association for Computing Machinery, 2009, p. 61-70.
Títol: Quantitative analysis of sequence alignment applications on multiprocessor architectures
Autor: Sánchez Castaño, Friman Veure Producció científica UPC; Ramírez Bellido, Alejandro Veure Producció científica UPC; Valero Cortés, Mateo Veure Producció científica UPC
Editorial: ACM Press. Association for Computing Machinery
Data: 2009
Tipus de document: Conference report
Resum: The exponential growth of databases that contains biological information (such as protein and DNA data) demands great efforts to improve the performance of computational platforms. In this work we investigate how bioinformatics applications benefit from parallel architectures that combine different alternatives to exploit coarseand fine-grain parallelism. As a case of analysis we study the performance behavior of the search application that implements the Smith-Waterman algorithm, which is a dynamic programing approach that explores the similarity between a pair of sequences. The inherent large parallelism of the algorithm makes it ideal for architectures supporting multiple dimensions of parallelism (TLP, DLP and ILP). We study how this algorithm can take advantage of different parallel machines like the SGI Altix, IBM Power6, Cell BE machines and MareNostrum. Our results show that a share memory architecture like the PowerPC 970MP of Marenostrum can surpass a heterogeneous machine like the current Cell BE. Our quantitative analysis includes not only a study of scalability of the performance in terms of speedup, but also includes the analysis of bottlenecks in the execution of the application. This analysis is carried out through the study of the execution phases that the application presents.
ISBN: 978-1-60558-413-3
URI: http://hdl.handle.net/2117/7112
Versió de l'editor: http://delivery.acm.org/10.1145/1540000/1531755/p61-castano.pdf?key1=1531755&key2=8473452721&coll=GUIDE&dl=ACM&CFID=86467244&CFTOKEN=83342818
Apareix a les col·leccions:CAP - Grup de Computació d´Altes Prestacions. Ponències/Comunicacions de congressos
Departament d'Arquitectura de Computadors. Ponències/Comunicacions de congressos
Altres. Enviament des de DRAC
Comparteix:


Stats Mostra les estadístiques d'aquest ítem

SFX Query

Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització del titular dels drets.

Per a qualsevol ús que se'n vulgui fer no previst a la llei, dirigiu-vos a: sepi.bupc@upc.edu

 

Valid XHTML 1.0! Programari DSpace Copyright © 2002-2004 MIT and Hewlett-Packard Comentaris
Universitat Politècnica de Catalunya. Servei de Biblioteques, Publicacions i Arxius