Fine-grain parallel megabase sequence comparison with multiple heterogeneous GPUs
Visualitza/Obre
Fine-grain parallel megabase sequence comparison with multiple heterogeneous GPUs (382,2Kb) (Accés restringit)
Sol·licita una còpia a l'autor
Què és aquest botó?
Aquest botó permet demanar una còpia d'un document restringit a l'autor. Es mostra quan:
- Disposem del correu electrònic de l'autor
- El document té una mida inferior a 20 Mb
- Es tracta d'un document d'accés restringit per decisió de l'autor o d'un document d'accés restringit per política de l'editorial
Cita com:
hdl:2117/27492
Tipus de documentArticle
Data publicació2014-08-01
Condicions d'accésAccés restringit per política de l'editorial
Llevat que s'hi indiqui el contrari, els
continguts d'aquesta obra estan subjectes a la llicència de Creative Commons
:
Reconeixement-NoComercial-SenseObraDerivada 3.0 Espanya
Abstract
This paper proposes and evaluates a parallel strategy to execute the exact Smith-Waterman (SW) algorithm for megabase DNA sequences in heterogeneous multi-GPU platforms. In our strategy, the computation of a single huge SW matrix is spread over multiple GPUs, which communicate border elements to the neighbour, using a circular buffer mechanism that hides the communication overhead. We compared 4 pairs of human-chimpanzee homologous chromosomes using 2 different GPU environments, obtaining a performance of up to 140.36 GCUPS (Billion of cells processed per second) with 3 heterogeneous GPUS.
CitacióDe Sandes, E. [et al.]. Fine-grain parallel megabase sequence comparison with multiple heterogeneous GPUs. "ACM SIGPLAN notices", 01 Agost 2014, vol. 49, núm. 8, p. 383-384.
ISSN0362-1340
Versió de l'editorhttp://dl.acm.org/citation.cfm?id=2555280
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
---|---|---|---|---|
Fine-grain para ... ple heterogeneous GPUs.pdf | Fine-grain parallel megabase sequence comparison with multiple heterogeneous GPUs | 382,2Kb | Accés restringit |