DSpace DSpace UPC
 Català   Castellano   English  

E-prints UPC >
Automàtica, robòtica i visió >
Institut de Robòtica i Informàtica Industrial, CSIC-UPC >
Articles de revista >

Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem: http://hdl.handle.net/2117/2725

Arxiu Descripció MidaFormat
doc1.pdf2,92 MBAdobe PDFThumbnail
Veure/Obrir

Citació: Porta, Josep Maria; Ros, Lluís; Thomas, Federico; Corcho, Francesc; Cantó, Josep; Pérez, Juan J.. "Complete maps of molecular-loop conformational spaces". Journal of computational chemistry, 2007, vol. 28, núm. 13, p. 2170-2189.
Títol: Complete maps of molecular-loop conformational spaces
Autor: Porta Pleite, Josep Maria Veure Producció científica UPC; Ros Giralt, Lluís Veure Producció científica UPC; Thomas, Federico Veure Producció científica UPC; Corcho Sánchez, Francisco José Veure Producció científica UPC; Cantó Silva, Josep Veure Producció científica UPC; Pérez, Juan J.
Editorial: John Wiley & Sons, Inc.
Data: 2007
Tipus de document: Article
Resum: This paper presents a numerical method to compute all possible conformations of distance-constrained molecular loops, i.e., loops where some interatomic distances are held fixed, while others can vary. The method is general (it can be applied to single or multiple intermingled loops of arbitrary topology) and complete (it isolates all solutions, even if they form positive-dimensional sets). Generality is achieved by reducing the problem to finding all embeddings of a set of points constrained by pairwise distances, which can be formulated as computing the roots of a system of Cayley-Menger determinants. Completeness is achieved by expressing these determinants in Bernstein form and using a numerical algorithm that exploits such form to bound all root locations at any desired precision. The method is readily parallelizable, and the current implementation can be run on single- or multiprocessor machines. Experiments are included that show the method's performance on rigid loops, mobile loops, and multiloop molecules. In all cases, complete maps including all possible conformations are obtained, thus allowing an exhaustive analysis and visualization of all pseudo-rotation paths between different conformations satisfying loop closure.
ISSN: 0192-8651
URI: http://hdl.handle.net/2117/2725
Versió de l'editor: http://dx.doi.org/10.1002/jcc.20733
Apareix a les col·leccions:Institut de Robòtica i Informàtica Industrial, CSIC-UPC. Articles de revista
IMEM - Innovació, Modelització i Enginyeria en (BIO) Materials. Articles de revista
Departament d'Enginyeria Química. Articles de revista
Comparteix:


Stats Mostra les estadístiques d'aquest ítem

SFX Query

Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització del titular dels drets.

Per a qualsevol ús que se'n vulgui fer no previst a la llei, dirigiu-vos a: sepi.bupc@upc.edu

 

Valid XHTML 1.0! Programari DSpace Copyright © 2002-2004 MIT and Hewlett-Packard Comentaris
Universitat Politècnica de Catalunya. Servei de Biblioteques, Publicacions i Arxius