DSpace DSpace UPC
 Català   Castellano   English  

E-prints UPC >
Altres >
Enviament des de DRAC >

Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem: http://hdl.handle.net/2117/15109

Ítem no disponible en accés obert per política de l'editorial

Arxiu Descripció MidaFormat
fittint_properties_from_density_functional.pdf2,23 MBAdobe PDF Accés restringit

Citació: Sala Viñas, J. [et al.]. Fitting properties from density functional theory based molecular dynamics simulations to parameterize a rigid water force field. "Journal of chemical physics", 02 Febrer 2012, vol. 136, núm. 5, p. 054103-1-054103-10.
Títol: Fitting properties from density functional theory based molecular dynamics simulations to parameterize a rigid water force field
Autor: Sala Viñas, Jonàs Veure Producció científica UPC; Guàrdia Manuel, Elvira Veure Producció científica UPC; Martí Rabassa, Jordi Veure Producció científica UPC; Spangberg, Daniel; Masia, Marco
Data: 2-feb-2012
Tipus de document: Article
Resum: In the quest towards coarse-grained potentials and new water models, we present an extension of the force matching technique to parameterize an all-atom force field for rigid water. The methodology presented here allows to improve the matching procedure by first optimizing the weighting exponents present in the objective function. A new gauge for unambiguously evaluating the quality of the fit has been introduced; it is based on the root mean square difference of the distributions of target properties between reference data and fitted potentials. Four rigid water models have been parameterized; the matching procedure has been used to assess the role of the ghost atom in TIP4P-like models and of electrostatic damping. In the former case, burying the negative charge inside the molecule allows to fit better the torques. In the latter, since short-range interactions are damped, a better fit of the forces is obtained. Overall, the best performing model is the one with a ghost atom and with electrostatic damping. The approach shown in this paper is of general validity and could be applied to any matching algorithm and to any level of coarse graining, also for non-rigid molecules.
ISSN: 0021-9606
URI: http://hdl.handle.net/2117/15109
DOI: 10.1063/1.3679402
Versió de l'editor: http://jcp.aip.org/resource/1/jcpsa6/v136/i5/p054103_s1
Apareix a les col·leccions:Altres. Enviament des de DRAC
SIMCON - Grup de Recerca de Simulació per Ordinador en Matèria Condensada. Articles de revista
Departament de Física i Enginyeria Nuclear. Articles de revista
Comparteix:


Stats Mostra les estadístiques d'aquest ítem

SFX Query

Aquest ítem (excepte textos i imatges no creats per l'autor) està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons
Creative Commons

 

Valid XHTML 1.0! Programari DSpace Copyright © 2002-2004 MIT and Hewlett-Packard Comentaris
Universitat Politècnica de Catalunya. Servei de Biblioteques, Publicacions i Arxius