DSpace DSpace UPC
 Català   Castellano   English  

E-prints UPC >
Altres >
Enviament des de DRAC >

Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem: http://hdl.handle.net/2117/14907

Ítem no disponible en accés obert per política de l'editorial

Arxiu Descripció MidaFormat
molbev.msr259.full.pdf758,04 kBAdobe PDF Accés restringit

Citació: Kedzierska, A. [et al.]. SPIn: model selection for phylogenetic mixtures via linear invariants. "Molecular biology and evolution", Octubre 2011, núm. January, p. 1-9.
Títol: SPIn: model selection for phylogenetic mixtures via linear invariants
Autor: Kedzierska, A.M.; Drton, M.; Guigó, Roderic; Casanellas Rius, Marta Veure Producció científica UPC
Data: oct-2011
Tipus de document: Article
Resum: In phylogenetic inference, an evolutionarymodel describes the substitution processes along each edge of a phylogenetic tree. Misspecification of the model has important implications for the analysis of phylogenetic data. Conventionally, however, the selection of a suitable evolutionary model is based on heuristics or relies on the choice of an approximate input tree. We introduce a method for model Selection in Phylogenetics based on linear INvariants (SPIn), which uses recent insights on linear invariants to characterize a model of nucleotide evolution for phylogenetic mixtures on any number of components. Linear invariants are constraints among the joint probabilities of the bases in the operational taxonomic units that hold irrespective of the tree topologies appearing in the mixtures. SPIn therefore requires no input tree and is designed to deal with nonhomogeneous phylogenetic data consisting ofmultiple sequence alignments showing different patterns of evolution, for example, concatenated genes, exons, and/or introns. Here, we report on the results of the proposedmethod evaluated on multiple sequence alignments simulatedunder a variety of single-tree andmixture settings for both continuous- and discretetime models. In the simulations, SPInsuccessfully recovers the underlying evolutionarymodel and is shown to performbetter than existing approaches.
ISSN: 0737-4038
URI: http://hdl.handle.net/2117/14907
DOI: 10.1093/molbev/msr259
Versió de l'editor: http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2011/12/23/molbev.msr259.full.pdf+html
Apareix a les col·leccions:Altres. Enviament des de DRAC
EGSA - Equacions Diferencials, Geometria, Sistemes Dinàmics i de Control, i Aplicacions. Articles de revista
Departaments de Matemàtica Aplicada. Articles de revista
Comparteix:


Stats Mostra les estadístiques d'aquest ítem

SFX Query

Aquest ítem (excepte textos i imatges no creats per l'autor) està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons
Creative Commons

 

Valid XHTML 1.0! Programari DSpace Copyright © 2002-2004 MIT and Hewlett-Packard Comentaris
Universitat Politècnica de Catalunya. Servei de Biblioteques, Publicacions i Arxius