DSpace DSpace UPC
 Català   Castellano   English  

E-prints UPC >
Altres >
Enviament des de DRAC >

Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem: http://hdl.handle.net/2117/14464

Arxiu Descripció MidaFormat
MEET_eng.pdfArticle principal201,07 kBAdobe PDFThumbnail
Veure/Obrir

Citació: Pairó, E. [et al.]. MEET: Motif Elements Estimation Toolkit. A: 33th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. "33th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society". Boston: 2012.
Títol: MEET: Motif Elements Estimation Toolkit
Autor: Pairó Castiñeira, Erola; Maynou Fernández, Joan Veure Producció científica UPC; Vallverdú Ferrer, Montserrat Veure Producció científica UPC; Caminal Magrans, Pere Veure Producció científica UPC; Marco Colás, Santiago; Perera Lluna, Alexandre Veure Producció científica UPC
Data: 2012
Tipus de document: Conference lecture
Resum: MEET is an R package that integrates a set of algorithms for the detection of transcription factor binding sites(TFBS). The MEET R package includes five motif searching algorithms: MEME/MAST(Multiple Expectation-Maximization for Motif Elicitation), Q-residuals, MDscan (Motif Discovery scan), ITEME (Information Theory Elements for Motif Estimation)and MATCH. In addition MEET allows the user to work with different alignment algorithms: MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation), ClustalW and MEME. The package can work in two modes, training and detection. The training mode allows the user to choose the best parameters of a detector. Once the parameters are chosen, the detection mode allows to analyze a genome looking for binding sites. Both modes can combine the different alignment and detection methods, offering multiple possibilities. Combining the alignments and the detection algorithms makes possible the comparison between detection models at the same level, without having to care about the differences produced during the alignment process. The MEET R package can be downloaded from http://sisbio.recerca.upc.edu/R/MEET_1.0. tar.gz
ISBN: 978-1-4244-4122-8
URI: http://hdl.handle.net/2117/14464
Apareix a les col·leccions:Altres. Enviament des de DRAC
SISBIO - Senyals i Sistemes Biomèdics. Ponències/Comunicacions de congressos
Departament d'Enginyeria de Sistemes, Automàtica i Informàtica Industrial. Ponències/Comunicacions de congressos
Comparteix:


Stats Mostra les estadístiques d'aquest ítem

SFX Query

Aquest ítem (excepte textos i imatges no creats per l'autor) està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons
Creative Commons

 

Valid XHTML 1.0! Programari DSpace Copyright © 2002-2004 MIT and Hewlett-Packard Comentaris
Universitat Politècnica de Catalunya. Servei de Biblioteques, Publicacions i Arxius