DSpace DSpace UPC
 Català   Castellano   English  

E-prints UPC >
Altres >
Enviament des de DRAC >

Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem: http://hdl.handle.net/2117/14463

Arxiu Descripció MidaFormat
MEET.pdf125,31 kBAdobe PDFThumbnail
Veure/Obrir

Citació: Pairó, E. [et al.]. MEET: Motif Elements Estimation Toolki. A: Congreso Anual de la Sociedad Española de Ingeniería Biomédica (CASEIB 2010). "Libro de Actas del XXVIII Congreso Anual de la Sociedad Española de Ingeniería Biomédica (CASEIB 2010)". Madrid: 2010.
Títol: MEET: Motif Elements Estimation Toolki
Autor: Pairó Castiñeira, Erola; Maynou Fernández, Joan Veure Producció científica UPC; Vallverdú Ferrer, Montserrat Veure Producció científica UPC; Gallardo Chacón, Joan Josep Veure Producció científica UPC; Caminal Magrans, Pere Veure Producció científica UPC; Marco Colás, Santiago; Perera Lluna, Alexandre Veure Producció científica UPC
Data: 2010
Tipus de document: Conference lecture
Resum: MEET (Motif Elements Estimation Toolkit) es un paquete en R que integra un conjunto de algoritmos para la detección computacional de los puntos de unión de los factores de transcripción (TFBS). El paquete en R MEET incluye cinco programas de búsqueda de motivos: MEME/MAST (Multiple Expectation-Maximization for Motif Elicitation), Q-residuals, MDscan (Motif Discovery scan), ITEME (Information Theory Elements for Motif Estimation) y Match. Además, permite al usuario trabajar con diferentes algoritmos de alineamiento múltiple: MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation), ClustalW y MEME. El paquete puede trabajar en dos modos diferentes, entrenamiento y detección. El modo entrenamiento permite escoger los parámetros óptimos del detector escogido. Y el modo detección permite, una vez escogidos los parámetros, analizar un genoma en busca de puntos de unión. Además, ambos modos pueden combinar los diferentes métodos de alineamiento y de detección, permitiendo al usuario un amplio abanico de posibilidades. Esta característica permite comparar los diferentes métodos computacionales al mismo nivel,sin realizar ningún agravio comparativo debido al alineamiento.
ISBN: 978-1-42444124-2
URI: http://hdl.handle.net/2117/14463
Apareix a les col·leccions:Altres. Enviament des de DRAC
SISBIO - Senyals i Sistemes Biomèdics. Ponències/Comunicacions de congressos
Departament d'Enginyeria de Sistemes, Automàtica i Informàtica Industrial. Ponències/Comunicacions de congressos
Comparteix:


Stats Mostra les estadístiques d'aquest ítem

SFX Query

Aquest ítem (excepte textos i imatges no creats per l'autor) està subjecte a una llicència de Creative Commons Llicència Creative Commons
Creative Commons

 

Valid XHTML 1.0! Programari DSpace Copyright © 2002-2004 MIT and Hewlett-Packard Comentaris
Universitat Politècnica de Catalunya. Servei de Biblioteques, Publicacions i Arxius