MEET: Motif Elements Estimation Toolki
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Tipus de documentComunicació de congrés
Data publicació2010
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Reconeixement-NoComercial-SenseObraDerivada 3.0 Espanya
Abstract
MEET (Motif Elements Estimation Toolkit) es un paquete en R que integra un conjunto de algoritmos para la detección computacional de los puntos de unión de los factores
de transcripción (TFBS). El paquete en R MEET incluye cinco programas de búsqueda de motivos: MEME/MAST (Multiple Expectation-Maximization for Motif Elicitation), Q-residuals, MDscan (Motif Discovery scan), ITEME (Information Theory Elements for Motif Estimation) y Match. Además, permite al usuario trabajar con diferentes algoritmos de alineamiento múltiple: MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation), ClustalW y MEME. El paquete puede trabajar
en dos modos diferentes, entrenamiento y detección. El modo entrenamiento permite escoger los parámetros óptimos del detector escogido. Y el modo detección permite, una vez escogidos los parámetros, analizar un genoma en busca de puntos de unión. Además, ambos modos pueden combinar los diferentes métodos de alineamiento y de detección, permitiendo al usuario un amplio abanico de posibilidades. Esta característica permite comparar los diferentes métodos computacionales al mismo nivel,sin realizar ningún agravio comparativo debido
al alineamiento.
CitacióPairó, E. [et al.]. MEET: Motif Elements Estimation Toolki. A: Congreso Anual de la Sociedad Española de Ingeniería Biomédica (CASEIB 2010). "Libro de Actas del XXVIII Congreso Anual de la Sociedad Española de Ingeniería Biomédica (CASEIB 2010)". Madrid: 2010.
ISBN978-1-42444124-2
Fitxers | Descripció | Mida | Format | Visualitza |
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MEET.pdf | 125,3Kb | Visualitza/Obre |