DSpace DSpace UPC
 Català   Castellano   English  

E-prints UPC >
Altres >
Enviament des de DRAC >

Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem: http://hdl.handle.net/2117/13186

Ítem no disponible en accés obert per política de l'editorial

Arxiu Descripció MidaFormat
A simulation strategy for the atomistic modeling of flexible molecules ....pdf1,42 MBAdobe PDF Accés restringit

Citació: Curcó, D. [et al.]. A simulation strategy for the atomistic modeling of flexible molecules covalently tethered to rigid surfaces: application to peptides. "Journal of computational chemistry", Març 2011, vol. 32, núm. 4, p. 607-619.
Títol: A simulation strategy for the atomistic modeling of flexible molecules covalently tethered to rigid surfaces: application to peptides
Autor: Curcó, David; Zanuy Gomara, David Veure Producció científica UPC; Nussinov, Ruth; Alemán Llansó, Carlos Veure Producció científica UPC
Data: mar-2011
Tipus de document: Article
Resum: A computational strategy to model flexible molecules tethered to a rigid inert surface is presented. The strategy is able to provide uncorrelated relaxed microstructures at the atomistic level. It combines an algorithm to generate molecules tethered to the surface without atomic overlaps, a method to insert solvent molecules and ions in the simulation box, and a powerful relaxation procedure. The reliability of the strategy has been investigated by simulating two different systems: (i) mixed monolayers consisting of binary mixtures of long-chain alkyl thiols of different lengths adsorbed on a rigid inert surface and (ii) CREKA (Cys-Arg-Glu-Lys-Ala), a short linear pentapeptide that recognizes clotted plasma proteins and selectively homes to tumors, covalently tethered to a rigid inert surface in aqueous solution. In the first, we examined the segregation of the two species in the monolayers using different long-chain:short-chain ratios, whereas in the second, we explored the conformational space of CREKA and ions distribution considering densities of peptides per nm2 ranging from 0.03 to 1.67. Results indicate a spontaneous segregation in alkyl thiol monolayers, which enhances when the concentration of longest chains increases. However, the whole conformational profile of CREKA depends on the number of molecules tethered to the surface pointing out the large influence of molecular density on the intermolecular interactions, even though the bioactive conformation was found as the most stable in all cases.
ISSN: 0192-8651
URI: http://hdl.handle.net/2117/13186
DOI: 10.1002/jcc.21647
Apareix a les col·leccions:Altres. Enviament des de DRAC
IMEM - Innovació, Modelització i Enginyeria en (BIO) Materials. Articles de revista
Departament d'Enginyeria Química. Articles de revista
Comparteix:


Stats Mostra les estadístiques d'aquest ítem

SFX Query

Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització del titular dels drets.

Per a qualsevol ús que se'n vulgui fer no previst a la llei, dirigiu-vos a: sepi.bupc@upc.edu

 

Valid XHTML 1.0! Programari DSpace Copyright © 2002-2004 MIT and Hewlett-Packard Comentaris
Universitat Politècnica de Catalunya. Servei de Biblioteques, Publicacions i Arxius