DSpace DSpace UPC
 Català   Castellano   English  

E-prints UPC >
Altres >
Enviament des de DRAC >

Empreu aquest identificador per citar o enllaçar aquest ítem: http://hdl.handle.net/2117/10925

Ítem no disponible en accés obert per política de l'editorial

Arxiu Descripció MidaFormat
main.pdfArticle principal607,53 kBAdobe PDF Accés restringit

Citació: Sanchez, F. [et al.]. Long DNA sequence comparison on multicore architectures. A: EURO-PAR Conference. "EURO-PAR Conference 2010". Ischia: Springer Verlag, 2010, p. 247-259.
Títol: Long DNA sequence comparison on multicore architectures
Autor: Sánchez Castaño, Friman Veure Producció científica UPC; Cabarcas, Felipe; Ramírez Bellido, Alejandro Veure Producció científica UPC; Valero Cortés, Mateo Veure Producció científica UPC
Editorial: Springer Verlag
Data: 2010
Tipus de document: Conference report
Resum: Biological sequence comparison is one of the most important tasks in Bioinformatics. Due to the growth of biological databases, sequence comparison is becoming an important challenge for high performance computing, especially when very long sequences are compared. The Smith-Waterman (SW) algorithm is an exact method based on dynamic programming to quantify local similarity between sequences. The inherent large parallelism of the algorithm makes it ideal for architectures supporting multiple dimensions of parallelism (TLP, DLP and ILP). In this work, we show how long sequences comparison takes advantage of current and future multicore architectures. We analyze two different SW implementations on the CellBE and use simulation tools to study the performance scalability in a multicore architecture. We study the memory organization that delivers the maximum bandwidth with the minimum cost. Our results show that a heterogeneous architecture is an valid alternative to execute challenging bioinformatic workloads.
URI: http://hdl.handle.net/2117/10925
DOI: 10.1007/978-3-642-15291-7_24
Apareix a les col·leccions:CAP - Grup de Computació d´Altes Prestacions. Ponències/Comunicacions de congressos
Departament d'Arquitectura de Computadors. Ponències/Comunicacions de congressos
Altres. Enviament des de DRAC
Comparteix:


Stats Mostra les estadístiques d'aquest ítem

SFX Query

Tots els drets reservats. Aquesta obra està protegida pels drets de propietat intel·lectual i industrial corresponents. Sense perjudici de les exempcions legals existents, queda prohibida la seva reproducció, distribució, comunicació pública o transformació sense l'autorització del titular dels drets.

Per a qualsevol ús que se'n vulgui fer no previst a la llei, dirigiu-vos a: sepi.bupc@upc.edu

 

Valid XHTML 1.0! Programari DSpace Copyright © 2002-2004 MIT and Hewlett-Packard Comentaris
Universitat Politècnica de Catalunya. Servei de Biblioteques, Publicacions i Arxius